由于卵泡囊肿的具体性质不同，因此其形成就会有很大差异，如果只是普通的生理性黄体囊肿，往往是由于卵子排出以后，卵泡还没有完全萎缩并长大，而造成一般在月经干净后都会自然消失。若是卵巢巧克力囊肿，正常就是由于子宫内膜异位到卵巢上周期性的萎缩坏死造成，这时常常会造成进行性加重的痛经表现。