大部分的颌骨肿瘤的起因不明。颌骨肿瘤可能是由于牙科疾病和炎症的长期发展引起的。肿瘤基本上就是人体组织的细胞，由于内在和外在的致病因素的长期作用，细胞DNA的遗传物质也就是DNA发生了突变。失去了对细胞生长和分裂的控制，从而导致异常。或者说，由于增生或者功能障碍引起的疾病。也可能是由于某些先天性的疾病或者先天性的缺陷或者外伤之后的引起的，比如最常见的颌骨囊肿，绝大部分的颌骨肿瘤的具体起因除了是外伤性的，其他的都难以追溯。比如具体是化学性的、有毒物质的接触，或者是辐射等物理性因素引起，都难以追溯。