脑干损伤病人会有一些特殊的临床表现。例如，病人会有颅内压升高的症状，如头痛、头晕、恶心、呕吐和乳头水肿。然而，在大部分情况下，表现并不特别明显。一些病人也会有呼吸和循环障碍。严重的脑干损伤会造成急性呼吸功能衰竭，还会表现出严重的意识障碍，特别是昏迷程度更深，持续时间也会更长，恢复速度较慢，脑干受损，病人会表现出双侧瞳孔不等大，大小变化不一等表现。