肺脓肿大部分病人是由于误吸导致的，例如患者神志不清，醉酒、使用镇静药物而导致了唾液或者是胃食管反流食物，而出现了误吸。患者可出现肺脓肿。其次，如果患者患有牙周脓肿，褥疮或者是皮肤外伤而出现了血源播散性肺脓肿。其次，在有慢性疾病的基础上出现了细菌感染而形成的肺脓肿，例如肺结核合并肺脓肿，肺肿瘤合并肺脓肿。不同途径引起的致病菌是不同的，例如吸入性肺脓肿以厌氧菌感染为主，可混合着需氧菌的感染。而血源播散性肺脓肿以金黄色葡萄球菌感染为主。邻近器官感染的肺脓肿与呼吸道出现的病原菌是相同的。