病人耐多药肺结核，首先会造成肺结核不能控制，因此造成结核分枝杆菌向全身的播散，可能造成全身多个部位表现出结核，其次，肺结核不能控制，也会造成肺功能的进一步损害，严重者可能表现出肺源性心脏病，甚至心力衰竭。此外，耐多药肺结核经过治疗也很难把痰涂片的阳性结果转为阴性，所以会一直具有传染性，很容易造成其他人的感染。