真菌性肠炎是真菌感染造成的，真菌感染往往见于身体免疫力弱的人群，此外就是长时间使用抗生素药物，糖皮质激素类药物进行疾病治疗的人群。当小儿表现出真菌性的肠炎时，首先要停用现阶段使用的抗生素或激素类药物，这一点是非常关键的。第二，要使用抗真菌的药物进行治疗，常用的抗真菌药物，例如氟康唑，伊曲康唑，小儿使用的话一定要严格遵医使用，因为这些药物可能具有肝毒性肾毒性。第三使用肠道益生菌类的药物进行治疗，肠道益生菌可以调节肠道益生菌群的平衡，有利于恢复胃肠道的消化和吸收功能。