真菌性肠炎，一般考虑和长期使用抗生素有很大的关系。应到医院去进行检查，查明全身使用抗生素药物的临床价值和实用性。如果没有必要长期使用抗生素，应尽早停用一般的抗生素。也可以给予口服肠道益生菌来进行调理肠道菌群，可能起到改善真菌性肠炎的一个作用。同时应注意真菌性肠炎容易复发，所以治疗一定要彻底。一般可以口服抗真菌药物如氟康唑来进行治疗，应按时服药。定时去医院检查，了解恢复这个情况，根据病情适当的进行药物的调整。平时一定要注意按时吃饭，不要着凉，不要吃生冷硬刺激的食物，也不要吃太油腻的食物。