真菌性中耳炎的治疗方法就是使用抗真菌的药物。病症不是很严重的病人，可以口服抗真菌的药物，耳道内滴注抗真菌的滴耳液来进行治疗；病症比较严重的病人，需要经过注射途径使用抗真菌药物治疗。真菌感染性疾病的治疗，见效一般都比较慢，需要坚持用药较长一段时间，部分病人可能需要进行手术。