消化不良造成的腹痛，往往是食物在胃肠道内不能完全消化，因此造成食物在胃肠道内囤积，造成胃肠胀气造成的痉挛样疼痛，在这种情况下可以使用胃肠动力药物进行治疗，例如枸橼酸莫沙必利片、多潘立酮片，这些药物可以促进胃肠平滑肌蠕动，可以加快胃的排空，有利于缓解腹痛的症状。此外消化不良时的腹痛，还可以使用肠道益生菌类的药物进行调理，肠道益生菌可以促进肠道消化和吸收，也有利于缓解症状。