手术主要有剥离法和挤切法两种。剥离法正常可在局麻或全麻下进行。麻醉后用扁桃体钳牵拉扁桃体，用弯刀切开腭舌弓游离缘及腭咽弓部分黏膜。用扁桃体剥离子分离扁桃体被膜，自上而下游离扁桃体，最后用圈套器切下扁桃体下级根蒂，扁桃体及完整切除。近年采用低温等离子辅助扁桃体切除可使手术出血更少，时间缩短。挤切法是用特制的扁桃体挤切刀从下级套入，转动刀环，将扁桃体后面及上级套进，另一手拇指辅助将扁桃体全部压入刀环内，收紧刀柄后快速扭转将扁桃体经过拽拔摘下。对于由病灶而切除扁桃体的患者，术后仍需用抗生素以防感染。