小腿肚子痛的主要原因有以下几点：1、最多见的为钙代谢的异常，骨质疏松或缺钙有可能会造成两侧小腿疼痛。2、椎间盘突出压迫到神经，也可能造成阶段性小腿肚疼痛。3、自身免疫或功能内分泌紊乱时，也会表现出下肢疼痛。4、用降脂的药物表现出副作用时，也可能会造成一侧或者下肢疼痛。