射精后尿道疼痛的主要原因是有慢性前列腺炎和精囊腺炎。慢性前列腺炎和精囊腺炎是男性生殖系统最多见的慢性炎性病变，前列腺液和精囊腺液是精液的重要组成部分，射精时有炎症的前列腺液和精囊腺液经尿道射出，因此会造成尿道有一过性的炎症，而表现出射精后尿道疼痛不适等表现。一般经多饮水、多排尿后即可缓解，再次射精后重复表现出尿道疼痛的症状。