射精时尿道痛的原因如下：第一、有可能是生殖系统的疾病，建议医院进行前列腺液的检查，或是生殖系统的彩超检查以及血常规尿常规的检查。第二、有可能是在过性生活的时候过于用力，进而表现出了神经过度的反应，建议平时在过性生活的时候应当要注意动作一定要轻柔。