射精时会疼主要原因是精囊腺炎、前列腺炎、尿路感染等表现导致的。需要化验尿液，做生殖器、前列腺、泌尿系统彩超检查，分析有无感染、前列腺、精囊腺、睾丸、输精管等异常疾病情况。明确诊断后才好针对性的治疗处理，需要及时到男科或泌尿外科诊治，不要耽误治疗，避免影响以后的生育能力或疾病加重。