吞咽口水时喉咙疼主要是由于咽喉部炎症导致的，比如说急性咽炎，扁桃体炎，会厌炎或者咽旁间隙感染等。建议去医院做咽喉部进一步检查，必要的时候做喉镜和血常规检查。若是感染导致的，可以使用一些抗生素或者是抗病毒的药物，比如说头孢类药物，黄芩口服液等。若是咽旁间隙感染到达化脓期并伴随吞咽困难的症状，必要的时候是需要对脓肿进行切开引流的。