新复方芦荟胶囊也是有一定的副作用的，但是副作用是很小的。由于每个病人的体质不同，对药物的敏感性也不同，不良反应也有轻有重，新复方芦荟胶囊服用后有可能会表现出大便次数增加或腹痛等胃肠道反应，胃部不适的不良反应比较少见，临床试验中有病人表现出过嗜睡症状，停药后不良反应就可缓解。