检查出来有右侧附件囊肿，如何治疗主要是看囊肿的大小以及性质。如果囊肿比较小，一般不需要处理，囊肿用药的效果不太好，要注意定期复查，囊肿比较小时有可能会自行消失。如果附件囊肿比较大，超过五公分时正常需要手术治疗，如何治疗要听一下经诊医生的意见。