13价肺炎疫苗的副作用主要是短暂性发热和注射部位的皮下局限性红肿结节，其特点是第一针的时候会比其他疫苗要更加明显。有些宝宝在打完第一针的时候，会发烧到三十八度左右，也可表现出低热，到第二针第三针，发热并没有随剂次逐次加强，有可能低热或不在发热。到第四针的时候，可能会表现出副作用突然加重一些的，如可能体温会更高一些。给予适量喝温开水，多休息，发热多于24小时内缓解。另一个副作用为局部的红肿硬结，不必特殊处置，只是局部反应，对人体无不良影响。