怀孕五周是可以做hpv病毒检查的，孕期做阴道检查是不会对胎儿有影响的，所以不用过于担心。hpv病毒检测可以在宫颈处取宫颈分泌物，如果hpv病毒是阳性，建议做一下宫颈液基细胞检查、阴道镜等检查，必要可以取组织做病理，如果确诊感染了人乳头瘤病毒，这个病毒可能会导致胎儿出现流产，或者出现畸形，所以在怀孕期间，要定期到医院做孕检，以监测胎儿在宫内的情况，必要时终止妊娠。