中医专长医师资格证考试合格后，需要按照以下步骤进行注册并办理执业证书：

1、了解当地卫生行政部门的要求：不同地区对中医专长医师的注册和执业证书管理可能有不同的规定，首先应查询当地卫生健康行政部门发布的相关政策文件，了解具体的注册流程、所需材料、费用等细节。

2、准备相关材料：根据当地要求准备好所有必需的材料，包括但不限于：

- 个人身份证明（身份证、户口本等）

- 学历证明（高中及以上学历的毕业证书或同等学力证明）

- 中医专业培训证明（如参加中医培训班、进修班的结业证书）

- 职称证书或其他职业资格证书（如有）

- 近期一寸免冠照片若干张

- 其他可能需要的文件，如健康体检报告、无犯罪记录证明等。

3、提交申请：将准备好的材料递交至当地卫生健康行政部门指定的机构或窗口进行申请，有些地方可能要求在线提交，有的地方则可能需要亲自前往现场提交。

4、审核与公示：提交申请后，相关部门会对提交的材料进行审核，通过审核后，部分地方会进行公示，公示期一般为7天，公示期间，申请人可以查询自己是否符合条件，如果不符合可能会被退回申请材料。

5、领取执业证书：公示无异议或者异议已解决后，申请人可以到指定地点领取执业证书，部分地区可能提供邮寄服务，以方便申请人。

6、后续管理：取得执业证书后，还需要定期参加继续教育，更新知识和技能，以保持执业资格的有效性，应遵守相关法律法规，保持良好的职业道德和行为规范。

注意事项：

- 在准备材料时，请确保所有信息的真实性和准确性，以免影响审核结果。

- 关注当地卫生健康行政部门的最新通知，因为政策可能会有变动。

- 如果遇到不清楚的问题，可以咨询当地的卫生行政部门或专业的法律顾问。

- 在整个过程中，保持耐心，按照规定程序逐步推进。

中医专长医师的注册和执业证书是进入中医领域的重要凭证，务必认真准备，按照规定流程办理，以确保合法合规地从事中医医疗服务。