中医专长医师证和确有专长证是中国中医药行业两种不同层次的职业资格认证，它们的区别主要体现在以下几个方面：

1、申请条件：

- 中医专长医师证：通常要求申请人具备一定的中医基础理论和临床实践经验，通过专业培训、考核后获得。

- 确有专长证：主要针对具有实际中医治疗能力的人员，无需经过专业培训，但需要提供相关医疗实践的证明，如病历、处方等。

2、培训与考核：

- 中医专长医师证：需要参加由卫生行政部门组织的中医专业培训，并通过理论和实践考核。

- 确有专长证：不强制要求参加培训，但需要提供相应的医疗实践证明，并接受卫生行政部门的考核。

3、证书性质：

- 中医专长医师证：属于国家认可的正式职业资格证书，具有一定的法律效力。

- 确有专长证：属于地方性的执业资格证明，只在特定地区有效。

4、适用范围：

- 中医专长医师证：适用于在医疗机构从事中医诊疗工作的专业人员。

- 确有专长证：适用于在非医疗机构从事中医诊疗工作的个人。

5、考试内容：

- 中医专长医师证：考试内容较为全面，包括中医基础理论、中药学、针灸学等专业知识。

- 确有专长证：考试内容相对简单，主要是对申请人提供的医疗实践进行审核。

6、有效期：

- 中医专长医师证：有效期一般为5年，需要定期续期。

- 确有专长证：有效期根据当地政策而定，可能没有明确的有效期限制。

7、社会认可度：

- 中医专长医师证：在社会上具有较高的认可度，是开展中医医疗服务的重要凭证。

- 确有专长证：虽然也是合法的执业凭证，但在社会上的认可度相对较低。

8、执业范围：

- 中医专长医师证：执业范围更广泛，可以在各级各类医疗机构从事中医诊疗工作。

- 确有专长证：执业范围相对较小，只能在非医疗机构从事中医诊疗工作。

9、费用：

- 中医专长医师证：需要支付一定的培训费用，同时还需要缴纳考试费用。

- 确有专长证：不需要支付培训费用，但是需要承担相关的医疗费用。

中医专长医师证和确有专长证在申请条件、培训与考核、证书性质、适用范围、考试内容、有效期、社会认可度、执业范围、费用等方面都存在一定的差异，选择哪种证书取决于个人的职业规划和实际情况。