中医专长证书的发证机关主要是由国家中医药管理局（原卫生部）和国家卫生健康委员会共同负责，具体包括以下几个层级：

1、国家中医药管理局：作为中医药管理的国家级机构，主要负责制定和实施中医药行业政策、标准、规范以及监督中医药行业的健康发展，它还会负责对申请中医专长证书的个人或机构进行资格审核和认证。

2、地方卫生行政部门：在国家层面之外，各级地方政府也设有相应的卫生行政部门，它们同样承担着中医专长证书的发放工作，这些部门会根据国家中医药管理局的指导方针和地方实际情况，制定具体的实施细则和操作流程。

3、医疗机构：部分医疗机构也会参与中医专长证书的发放工作，一些大型综合医院或专科医院可能会设立专门的中医科或中医诊所，这些科室会负责接收申请并协助申请人准备相关的材料和证明。

4、社会力量：除了上述官方机构外，还有一些社会力量也会参与到中医专长证书的发放工作中，一些民间中医协会或中医培训机构可能会提供培训课程，帮助学员获得中医专长证书，一些非政府组织也可能参与到证书发放的过程中，为有需求的个人提供支持和帮助。

中医专长证书的发证机关在确保中医专业水平的同时，也注重保障中医从业人员的合法权益，为了实现这一目标，以下是一些关键措施：

1、严格审查：对于申请中医专长证书的个人或机构，发证机关会进行严格的资质审查，确保其具备一定的中医理论知识和实践经验，这包括对申请人的教育背景、工作经验、技能水平等方面的评估。

2、培训与考核：对于尚未取得中医专长证书的人员，发证机关会组织相关的培训课程，帮助他们掌握必要的中医知识和技能，培训结束后，申请人需要通过考试才能获得证书。

3、公示与监督：发证机关会对申请中医专长证书的个人或机构进行公示，接受社会监督，这样可以确保证书的公正性和权威性，防止滥竽充数的现象发生。

4、定期复核：为了维护中医专长证书的有效性，发证机关会定期对已经获得证书的个人或机构进行复核，如果发现证书持有人存在违反规定的情况，发证机关将依法撤销其证书。

5、持续教育：为了提高中医从业人员的专业水平，发证机关会鼓励他们参加继续教育和学术交流活动，这样可以帮助他们不断更新知识，提高临床实践能力。

中医专长证书的发证机关是国家中医药管理局和地方卫生行政部门，它们通过严格的审查、培训与考核、公示与监督、定期复核以及持续教育等措施，确保中医专长证书的质量和权威性，保护中医从业人员的合法权益。