中医针灸师资格证书的颁发机构主要由中国政府相关部门和专业组织进行，在中国，这个证书的权威颁发机构是中国人力资源和社会保障部（简称“人社部”）以及中国中医药管理局（简称“中医药局”），这两个部门共同负责对中医从业人员的资质认定和管理。

中国人力资源和社会保障部是国家主管就业、社会保障和人才工作的宏观调控部门，它制定并实施与职业资格相关的政策法规，包括中医针灸师的职业技能鉴定，通过参加由人社部认可的培训机构举办的培训，并在规定时间内完成课程学习，通过相应的理论和实操考试，学员可以获得由人社部颁发的《中华人民共和国职业资格证书》，这是证明个人具备从事中医针灸工作的专业能力的重要凭证。

中国中医药管理局作为国务院直属机构，主要负责全国中医药事业的发展规划、政策法规、标准规范等的制定和实施，同时也会参与对中医针灸师的专业技术等级评定，中医药局所颁发的证书，如“中医针灸师专业技术等级证书”，则是从行业内部对针灸师专业水平的认可，对于提升针灸师的业务能力和市场竞争力具有重要意义。

一些省级或地方的卫生健康委员会也会根据本地情况，联合相关学术团体或专业机构，对针灸师进行考核和认证，颁发的地方性证书虽然效力范围有限，但也能反映针灸师在当地的专业水平。

中医针灸师资格证书是由国家层面的人力资源和社会保障部，以及行业指导部门中国中医药管理局，或者地方卫生健康委员会等相关机构颁发的，这些证书不仅是从业者合法执业的依据，也是其专业技能和知识水平的权威证明。