针灸师证书的颁发是由中国政府的相关卫生管理部门进行的，在中国，这个职能主要由国家卫生健康委员会（原为国家卫生和计划生育委员会）以及人力资源和社会保障部共同承担。

国家卫生健康委员会负责制定针灸行业的政策法规，规范行业标准，同时对全国的中医医疗、教育、科研机构进行指导和监督，对于针灸师的职业资格认证，卫健委通过其下属的中医药管理局来具体执行，中医药管理局会组织专家制定严格的针灸师考核标准，包括理论知识、临床技能等，并举办相应的考试或评审活动，通过这些考核的人员，将获得由国家卫生健康委员会颁发的“中医执业医师”或者“中医助理医师”的资质，这在一定程度上代表了针灸师的专业水平。

人力资源和社会保障部则主要负责职业技能鉴定工作，其中包括针灸师这一职业，他们设立并管理着国家职业资格目录，针灸师就属于其中的健康与社会服务大类下的一个职业工种，通过参加由人社部认可的职业技能鉴定机构组织的培训和考核，合格者将获得由人力资源和社会保障部统一印制的“中华人民共和国职业资格证书”，这是证明个人专业技能的重要凭证。

针灸师证的颁发是一个综合性的过程，既需要具备深厚的医学理论基础，又要有丰富的临床实践经验，同时还需符合国家的法律法规要求，无论是国家卫生健康委员会还是人力资源和社会保障部，他们的角色都是为了确保针灸服务的质量，保护公众健康，同时也推动中国传统医学——针灸的发展和传承。