在探讨“中国中医科学院的针灸师证能否在按摩店里进行针灸”这个问题时，我们需要从多个角度来分析。

从法律角度来看，持有中国中医科学院颁发的针灸师证书，意味着该人员已经通过了严格的理论学习和实践操作考核，具备了一定的专业知识和技能，按照中国的相关医疗法规，这样的专业人士理论上可以在合法注册的医疗机构中从事针灸工作，按摩店是否能成为他们提供服务的场所，这需要根据各地的具体法律法规和行业规定来判断，在中国，按摩店主要提供的是保健按摩服务，而针灸属于医疗服务，两者在许可范围上可能存在差异。

从专业性和安全性考虑，针灸作为一种专业的医疗技术，涉及到人体的穴位、经络等复杂系统，如果处理不当可能会引发不良反应甚至危险，除了专业知识和技术外，还需要有良好的医患沟通能力和应急处理能力，在按摩店内进行针灸，可能由于环境、设备以及配套设施等方面的限制，难以满足这些需求，从而影响治疗效果和患者安全。

从职业道德角度看，持证的针灸师应该遵循医学伦理，为患者提供最适宜的服务，如果在非专业医疗环境下提供针灸服务，可能会影响到其专业形象，也可能违背了医德规范。

尽管拥有中国中医科学院的针灸师证书，但在按摩店内进行针灸并不一定是合法且合适的，为了保障公众健康，维护专业标准，针灸师应选择在符合规定的医疗机构或专门的针灸诊所提供服务，对于按摩店来说，若想提供针灸服务，应当寻求与正规医疗机构的合作，引入专业的针灸师，以确保服务质量与患者安全。