针灸师证书的发放是由国家权威机构进行的，以确保专业人员的技术水平和职业素质，在中国，这个职责主要由人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）以及中国针灸学会共同承担。

人力资源和社会保障部是中国政府主管全国人力资源和社会保障工作的部门，负责制定并实施与人力资源和社会保障相关的政策法规，对于针灸师这一职业资格认证，它会制定详细的考核标准和流程，并对符合条件的培训机构进行授权，这些机构在完成相应的教学任务后，可以推荐学员参加统一的职业技能鉴定考试，通过考试者，将获得由人力资源和社会保障部颁发的“中医针灸师”职业资格证书，这是在国内从事针灸临床工作的重要凭证。

中国针灸学会作为全国性的学术团体，其在针灸领域的权威性不言而喻，它不仅参与针灸师的培训教材编写、课程设计，还参与实际的教学活动，甚至参与到针灸师的资格评审过程中，虽然它并不直接发放证书，但其在行业内的影响力使得它的认可度极高，持有由中国针灸学会颁发的相应证书，也往往被视为专业能力的一种证明。

国际上也有一些权威机构如世界针灸学会联合会等，它们也会发放针灸师资格证书，特别是在推动针灸国际化进程中发挥了重要作用，这类证书通常用于承认在全球范围内具有专业针灸技术的从业者。

针灸师证书的发放机构主要是官方的政府部门和专业的学术组织，他们从不同的角度保证了针灸师的专业性和服务质量，为保护患者权益和促进针灸事业健康发展提供了坚实的基础。