在中国，针灸作为一种传统医学疗法，被广泛应用于医疗保健领域，中国科学院作为国内顶尖的科研机构之一，其认证的针灸师资格在行业内具有很高的权威性，能否直接在医院工作，还需要考虑多个因素。

针灸师在医院工作的合法性主要取决于该医院是否设有中医科或者针灸科，并且是否接受非正式编制的专业人员，大部分公立医院通常要求员工具备医师执业证书，这是由国家卫生健康委员会颁发的，而非仅仅是中国科学院的针灸师证书，不过，一些私立医疗机构或专门的中医诊所可能更倾向于接纳持有此类专业证书的人员。

工资待遇则受多种因素影响，包括但不限于地区经济水平、医院规模、个人经验和技能、以及市场需求等，在一线城市，有丰富经验和技术精湛的针灸师，月薪可能会达到10,000元以上，甚至更高；而在二三线城市，起薪可能在5,000-8,000元左右，当然，如果能在学术研究或者临床实践中有所建树，提升自身价值，那么收入也会相应提高。

持续的学习和进修也是决定收入的一个重要因素，中国的医疗行业对专业人才的要求越来越高，不断更新知识和技能，获取更高的专业资质，将有助于提升你的市场竞争力和薪资待遇。

拥有中国科学院的针灸师证书是进入针灸领域的良好起点，但要在医院工作并获得理想的薪酬，还需结合自身的实际情况，如专业能力、工作经验、地域选择等因素综合考虑，持续学习，提升自我，适应行业发展，才是确保职业发展的关键。