中医针灸师的资格证书是由中国政府相关部门权威颁发的，具体来说，这个证书的发放机构主要是国家卫生健康委员会（原为中华人民共和国卫生部）及其授权的地方卫生健康行政部门。

在《中华人民共和国中医药法》的指导下，国家卫生健康委员会负责制定和实施全国中医药事业的发展规划、政策和标准，其中包括对中医从业人员的资质认定与管理，他们通过严格的考核制度，确保每一位获得中医针灸师证书的专业人士都具备了扎实的中医理论基础，精湛的针灸操作技能，以及良好的医德医风。

地方卫生健康行政部门也在国家卫生健康委员会的领导下，进行本地的中医针灸师资格认证工作，他们会根据国家的相关规定和标准，结合本地实际情况，组织考试、审核申请人的资质，并最终颁发相应的证书。

值得注意的是，随着我国对中医药事业的重视程度不断提升，对中医针灸师的资格要求也越来越严格，不仅需要通过理论知识考试，还要有临床实践能力的考核，以保证公众能够接受到专业、安全的中医针灸服务。

中医针灸师证是由国家卫生健康委员会及其地方分支机构依据相关法规和标准，经过严格考核后颁发的，这既是对从业者专业能力的认可，也是对其职业责任的明确。