胚胎质量不好，最多见的因素是胚胎自身发育的异常，如胚胎染色体异常。孕早期母体病毒感染，也容易造成胚胎质量不好；孕早期口服影响胎儿发育的药物，也会造成胚胎不好；孕期接触放射性的物质，也会影响胚胎发育，造成质量不好；母体全身性的疾病，如心功能不全、肝肾功能损害、贫血等都可以造成胚胎质量不好；母体以及父亲染色体异常也会造成胚胎质量不好；子宫畸形，也会影响胚胎发育、种植造成质量不好；免疫性疾病，如母体免疫功能障碍，如系统性红斑狼疮，类风湿性关节炎等也会造成胚胎质量不好。