现阶段临床上治疗胃间质瘤主要是以手术治疗为主。而对于那些中高危病人，也就晚期病人可以用靶向药物伊马替尼进行治疗。而手术治疗对于大于2cm的肿瘤，都应进行手术切除，原则上要做到完全切除，也就是连同肿瘤假包膜的完整切除，切缘距病灶1-2cm。由于胃间质瘤很少进行淋巴结转移，因此不用进行淋巴结的清扫，如果生长在消化腔内的胃间质瘤，可以在内镜下摘除。