胃蛋白酶在对蛋白或多肽进行剪切时，具有一定的氨基酸序列特异性，在盐酸的作用下激活为胃蛋白酶，可分解蛋白质中苯丙氨酸或酪氨酸和其他氨基酸形成的肽键，产物为蛋白胨及少量的多肽和氨基酸。胃蛋白酶在酸性环境中具有较高活性，在中性或碱性pH值的溶液中，胃蛋白酶会发生解链而丧失活性。胃酸分泌过多条件下可以发挥更好的作用。