甲状腺不发育或是发育不良会造成甲减的发生;当先天性原因造成组织的甲状腺激素受体的缺陷，尽管甲状腺激素的量并不是，也会由于受体的缺陷，使甲状腺激素不能发挥作用，造成甲减的发生。由于先天性的缺陷，造成合成甲状腺激素的一些酶的缺乏，使甲状腺激素的合成发生障碍。