杀幽门螺杆菌的副作用包括：1。杀除幽门螺杆菌需要服用抗生素，可能会刺激胃黏膜，引发腹痛、腹胀、反酸、烧心、食欲不振等表现；2。因服用的药物较多，可能会影响肝脏的正常代谢，造成转氨酶升高；3。部分病人服用杀菌药物后可能会表现出皮疹、瘙痒、红斑等过敏反应；4。极少数病人可能会表现出听力障碍、头晕、头痛等异常表现。