扁桃体炎处于不同时期时，引起的主要症状不相同。急性扁桃体炎以局部症状和全身症状为主，局部以剧烈激烈的咽喉部疼痛为主，并且在吞咽时加重，可以放射至耳部，下颌淋巴结常常伴随有明显的肿大。由于这种急性感染起病较急，可伴随有畏寒、高热、头痛、食欲下降、乏力、全身不适等，儿童可以因为高热而引起抽搐、呕吐、惊厥等。慢性扁桃体炎主要是以咽喉部的各种异常感觉为主，可以是异物感、痒感、微痛感，也可以出现刺激性干咳等轻微症状。如果口腔内有大量的干酪样分泌物吐出，可以出现口臭。当慢性扁桃体炎反复发作，导致扁桃体过度肥大时，可以引起吞咽、呼吸、发声功能障碍。