胃镜检查是可以检测出是否患有幽门螺杆菌的。主要方法是快速尿素酶试验、胃活检和细菌培养。其中快速尿素酶试验是临床上较常用的，其原理是利用幽门螺杆菌体内所含的尿素酶能够造成试剂颜色的变化，来判断是否存在幽门螺杆菌感染。细菌培养是将取出的胃黏膜组织在适合的环境中进行培养。如果产生幽门螺杆菌，则表示存在幽门螺杆菌感染，但是这项检测费用高、时间长且检出率不高，临床少用。胃镜活检是指将取下的胃黏膜组织进行特殊染色判断是否为阳性。虽然胃镜下可以检测出是否有幽门螺杆菌感染，但是都存在有创性，而且胃镜检查所夹取的粘膜组织位置不同，其结果较局限。临床上多经过碳13或碳14呼气试验检查，更准确，更有特异性。