月经干净后表现出咖啡色的分泌物，先要查找原因然后才能对症治疗：1、当黄体萎功能不全时，可表现为月经淋漓不尽，月经期干净后还会有少量的出血，病人可以口服中药桂枝茯苓丸、乌鸡白凤丸进行调理；也可以选择短效口服避孕药进行调经治疗。2、当患有宫颈糜烂、宫颈息肉、子宫内膜炎、子宫肌瘤时，月经干净后会有咖色分泌物。有宫颈糜烂的病人可以进行物理治疗，有宫颈息肉的病人要行摘除手术，有子宫内膜炎的病人可以用抗生素治疗，有子宫肌瘤的病人需要进行手术治疗。