根据栓子的来源可以分为以下几种：第一是心源性的占到60%到75%，常见的病因为慢性心房颤动，栓子主要来源是风湿性的心瓣膜病、心内膜延生物、附壁血栓脱落等等以及心肌梗死、心房粘液瘤、心脏手术、心脏导管、二尖瓣脱垂和钙化、先天性的房室间隔缺损。第二是非心源性的比如动脉粥样硬化斑块的脱落、劲脉血栓、深静脉血栓或是凝块、骨折或手术史、脂肪栓和气体栓，血管内治疗时血栓脱落等等。颈动脉纤维肌肉发育不良、肺感染、败血症，肾病综合症的高凝状态可引起腔隙性脑梗塞等。第三来源不明，腔隙性脑梗塞来源不明的占30%。