囊肿是否影响怀孕需要根据囊肿的部位和大小来决定。多见的囊肿有宫颈囊肿和卵巢囊肿，如果囊肿比较大，对卵巢和宫颈导致导致压迫症状，或者严重影响卵巢的内分泌功能时，就会影响正常的怀孕。宫颈囊肿比较大时，会对子宫内口导致压迫，堵塞，会影响精子进入子宫因此因此影响怀孕。卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，生理性囊肿对怀孕是没有影响的。病理性囊肿有巧克力囊肿，容易和周围组织粘连，因此影响怀孕。其他类型的病理性囊肿，比如黏液性囊肿等对受孕影响较小。当表现出子宫内膜异位性的囊肿时会容易影响正常的子宫内膜，产生不孕。