口腔里起水泡的原因是病毒感染。机体抵抗力差的时候，病毒感染往往会发作，表现为透明的米粒大小水泡，可反复发作，周期不定；粘液囊肿，可能为小的唾液腺因导管阻塞等原因发生粘液囊肿，并可反复发作，部位固定，一般为一个小泡，和进食有关。