全飞秒激光治疗近视眼的后遗症是散光，炫光，高眼压，感染，圆锥角膜。手术主要是做角膜瓣，经过削减角膜的厚度，改变眼睛的整体屈光度，手术之后角膜变薄，如果有眼内压升高，容易造成形成圆锥角膜，此外角膜上皮具有分泌泪液的功能，手术之后，病人容易表现出干眼症。每个人的表现并不完全相同。