无痛肠镜也就是舒适肠镜，是逐渐推广的检查方法，但不是任何一个检查都适宜所有的人。因此有部分群体不提倡进行无痛肠镜的检查。这些群体包括精神异常的病人、完全昏迷的病人、体质非常差的病人、休克化体质非常弱，长时间疾病，特别是消耗性疾病的病人都不适宜进行无痛检查。还有心脏功能异常的病人、肺功能异常的病人，特别是肺的换气功能很差，吸收消化能力差的病人，这些都不能进行无痛肠镜检查。无痛肠镜检查不是操作时无痛，而是操作前使用麻醉药物以后，阻断病人的疼痛感觉，而进行的检查。因此对昏迷、体质差、不能耐受麻药、麻药过敏的病人都不能进行无痛肠镜的检查。