造成下雨天头痛的原因有很多，第一，可能是下雨天的低气压造成的偏头痛，偏头痛是一种多见的慢性神经血管疾病，多发于中青年，女性一般多见，并且其中也带有一定的遗传因素。第二，可能是下雨天气温比较低，造成的颈椎和肩部发炎，颈椎病会直接刺激、压迫或者牵拉头部的敏感组织，因此造成下雨天头痛。第三，可能是身体本身疾病造成的，比如脑炎。