早上头疼最多见的是鼻窦炎。鼻中隔包括上颌窦，筛窦，蝶窦，额窦，其开口在鼻甲，在鼻腔发炎或受凉时，鼻窦开口被阻塞，造成鼻腔内压力增加，压迫鼻窦内压力感受器，因此造成头痛。因为鼻窦开口有一定的方向性，当内分泌物顺畅排出后，头痛减轻，当仰卧时，内分泌物无法排出，便会表现出头痛。其它非多见的原因包括：阻塞性睡眠呼吸暂停综合征，抑郁，醉酒后头疼等。