三个月宝宝脾胃不好，可以经过药物和小儿推拿来调理。给宝宝服用调理脾胃的药物，如婴儿健脾散，醒脾养儿颗粒等。也可以服用益生菌进行调理，益生菌可以使宝宝体内正常菌群保持平衡，促进肠胃的消化吸收。若是母乳喂养的宝宝，母亲的饮食要清淡易消化，不要吃生冷食物。宝宝平时要注意腹部的保暖，防止受凉。可以每天帮宝宝按摩腹部，以肚脐儿为中心做顺时针和逆时针按摩。