霉菌性食管炎应防治相结合，特别应预防医源性因素所致的感染，严格掌握抗生素、激素使用的适应证，以减少该病的发生。治疗方法较多，用中药锡类散、云南白药、大蒜素等治疗，西药制霉菌素、二性霉素B、酮康唑、氟康唑、伊曲康唑等抗霉菌治疗均有效。