可能是自身免疫反应亢进，也可能是自身免疫功能严重的缺陷，最常见的是第二种情况；有相关报告指出，某些细菌、病毒等微生物的感染，很有可能是导致复发性口腔溃疡的主要原因。患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明：30%-48%的口腔溃疡患者有消化道疾病，如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。