一般来说肛瘘是肛门周围脓肿的后遗症。肛周脓肿被医生切开引流或自行溃破后，脓腔逐渐萎缩变细而形成了一个管道，就是肛瘘。暴露在肛门外的瘘口叫外口，在肛管直肠内的则称为内口。内口实际上是最初感染的祸根，它常常位于直肠肛管交界处。正是由于内外口的相互贯通，所以常有分泌物或稀便自肛内溢出，这样一来，瘘管自然就不能自愈了。