肠结核的治疗并不困难，主要是为了消除病情、改善患者全身症状并治疗并发症。肠结核患者的休息与营养十分重要，因为不仅仅可以增强患者抵抗力，也是治疗的基础。其次，也可选用抗结核药物进行治疗，如果效果不佳患者也可考虑二线抗结核药物。另外，针对病因进行对阵用药，手术治疗主要针对于完全性肠梗阻、急性肠穿孔、诊断困难需剖腹探查者、肠道出血经积极抢救未能止血者，这类患者可进行手术治疗。