细菌性阴道炎的患者以抗厌氧菌药物治疗为主，也可用口服药物、栓剂以及软膏。药物治疗包括甲硝唑、替硝唑或克林霉素等具有抑制厌氧菌生长，缓解症状的作用。局部用药包括乳膏和栓剂，乳膏如克林霉素软膏等，栓剂如甲硝唑阴道栓、替硝唑以及乳酸杆菌栓剂等可以通过产生乳酸从而升高阴道内酸度，抑制加德纳菌及厌氧菌生长。治疗期间应避免性生活，注意个人卫生，以免加重病情。