经期头痛与血清中的雌二醇（一种女性激素）浓度变化有关。在月经前后，血清中的雌二醇浓度降低，从而引起血管张力的变化，使一部分对此敏感的患者发生头痛。月经后，血清中雌二醇浓度回复至正常，病人的头痛亦可缓解或者消失。随着年龄，精神状态，情绪等各种因素的影响对内分泌系统的影响是不一定的。大多的因素都有可能影响内分泌系统。